Śmiertelna choroba przykuła Kępińskiego na ponad dwa lata do łóżka- ponad rok powtarzano dializy.

Obie strony grały te podwójną grę: on umierający stosował psychoterapię wobec osób ze swego otoczenia, aby ułatwić im rolę jaka mieli do spełnienia. Niezmiennie powtarzał, że czuje się dobrze, a jeśli narzekał, to jedynie czasem na dokuczliwe bóle... reumatyczne kręgosłupa. Ordynator wywiesił na drzwiach kartkę: "Ludzie, zlitujcie się! Stan ciężki! Ale codziennie przewalały się tutaj tłumy gości. Nawet w chorobie był magnesem. Przyciągał ludzi nie tylko altruizmem, ale także tym - jak potwierdza większość gości - że wychodzili stąd uspokojeni.
Pierwszą poranną godzinę spędzaliśmy razem. Potężnie fałszując śpiewaliśmy "Kiedy ranne wstają zorze", karmiliśmy kota-przyjaciela, snuliśmy plany... Byliśmy świadomi śmierci, dlatego ceniliśmy wartość życia, choć nieuchronnie było go coraz mniej .

I jeszcze jedna relacja profesora Hanickiego:
Antoś chciał, abym wyjechał do Anglii - na trzy dni przed jego śmiercią - i wygłosił tam nasz wspólny referat na temat chorych przewlekle dializowanych, a więc i o sobie. Nastąpiło to w dniu jego pogrzebu. Było to moje dla niego epitafium. A przecież wypchał mnie na siłę z Polski dlatego tylko, aby oszczędzić mi widoku swego cielesnego umierania.

Podczas ostatnich miesięcy choroby pełniliśmy dyżury lekarskie przy naszym profesorze. Tak się złożyło, że mnie przypadł dyżur krytycznej czerwcowej nocy. W długim monologu agonii przewinęły się sprzeczności jakie nurtowały Kępińskiego: wątek dobra i zła, miłości i nienawiści, Polaków i Niemców. Po dłuższej chwili milczenia, przed oddaniem ostatniego tchnienia, Kępiński powiedział: Jestem gotów do przejścia na drugą stronę życia. Rozwijając koncepcję psychiatrii aksjologicznej Kępiński spowodował pragnienie głodu wartości także poza psychiatrią, w życiu społecznym. Zabiegał o godne warunki życia i leczenia dla psychicznie chorych, upominał się o ich prawa i godne traktowanie. Nawet w chorobie psychicznej potrafił dostrzec wartości pozytywne, a także piękno. Dlatego każdy czuł się przy nim lepszym i podniesionym na duchu. We wspomnieniach profesora Józefa Bogusza Kępiński był dla chorego najwierniejszym z wiernych. Hojną dłonią rozdawał im, nie zdając sobie zresztą z tego sprawy, najpiękniejsze i najcenniejsze dary, bo dary umysłu i serca. Obawiali się psycholodzy, że w związku z jego śmiertelną chorobą nastąpią przypadki samobójstw u niektórych jego pacjentów. Nie ma życia dla chorego, skoro umarł jego lekarz. Czyż może być mocniejszy wyraz tego najpiękniejszego wśród stosunków międzyludzkich, stosunku lekarz - pacjent?

Sprzeczności i kompleksy
W twórczości Kępińskiego znalazły odbicie sprzeczności tkwiące w jego osobowości:

• był skryty i nieprzenikniony, nie mówił o sobie, a innym po mistrzowsku stwarzał warunki do okazywania swych uczuć i wyzwalania najlepszego;
• zabiegał o wolność człowieka i jego autonomię, a równocześnie propagował humanizm chrześcijański, który tę wolność poddaje rygorom odpowiedzialności i w jakimś stopniu ogranicza;
• był sceptyczny co do możliwości poznania natury człowieka, ale poszerzył granice tego poznania o teorię metabolizmu energetycznego i informacyjnego;
• łączył wyobraźnię artystyczną ze zdrowym rozsądkiem i logiką myślenia.

 

Dlatego zapewne jego dzieła nie można zaszeregować do jednego nurty teoretycznego.

Nie sposób nie wiązać tych sprzeczności z historią życia Kępińskiego, a zwłaszcza z doświadczeniami traumatycznymi:

• pragnął walczyć za Ojczyznę, a jego uczucia patriotyczne zostały sparaliżowane przez niewolę i pobyt w obozie koncentracyjnym;
• zamiast zrealizować naturalną potrzebę heroizmu, cierpiał na "kompleks nieuczestniczenia" w tym co działo się w Polsce;
• marzył o karierze żołnierza-lotnika w polskich formacjach Royal Air Force (RAF), tymczasem uznano go za nieprzydatnego w lotnictwie;
• zamierzał zostać chirurgiem, ale nie było dla niego miejsca do specjalizowania się w tej dziedzinie; została mu psychiatria;
• posiadając talent naukowca i badacza, przeżywał kompleks nienaukowości psychiatrii, gdyż
• traktował ją bardziej jako sztukę niż naukę.

Jeśli zastanowić się, jaki ślad pozostawił Kępiński swoim życiem i dziełem, to przede wszystkim stworzył wzór osobowy lekarza, model lekarza idealnego, którego dewizą był szacunek do chorego. We współczesnym świecie, nękanym dramatycznymi konfliktami i kontrastami pokazał, że możliwa jest postawa Samarytanina. Refleksja krytyków jego dzieła , zwłaszcza filozofów, pokazała ponadto, jak społeczność - zdrowych i chorych - takiej postawy potrzebuje i jak wysoko ją ceni. Postawa ta wynikała z wyznawanej przez Kępińskiego deontologii, w której związek lekarza i chorego oparty jest na miłości terapeutycznej , a wartości moralne są absolutne i ponadczasowe, gdyż wynikają z naturalnego porządku moralnego. Warto przypomnieć, że Kępiński traktował niektóre zaburzenia psychiczne, jak nerwice, psychopatie czy choroby psychosomatyczne, jako rezultat sprzeniewierzenia się porządkowi moralnemu:

Ludzie dotknięci tymi zaburzeniami znoszą piekło za życia za przekroczenie tkwiącego w przyrodzie prawa moralnego, za swoje zapiekłe negatywne uczucia, za swoje lenistwo i niechęć podjęcia wysiłku życia, za swój egoizm itp.
Zdaniem Jakubika, Kępiński był krystalicznie czystą anima naturaliter christiana, tak charakterystyczną dla pierwszych chrześcijan i opartą na Biblii i Dekalogu [...] Kępiński przyjął chrześcijańskie przykazanie miłości bliźniego za podstawową powinność moralną jednostki ludzkiej, oraz za główną dyrektywę deontologii lekarskiej.
W opinii Kokoszki, książki Kępińskiego ochroniły Polskę przed szkodliwym wpływem antypsychiatrii, a więc przed przeistoczeniem więźniów szpitali psychiatrycznych, w bezdomnych więźniów ulicy. Uczynił on znacznie więcej, gdyż pokazał, jak można połączyć podejście medyczne z humanistycznym, jak w praktyce pogodzić naukową wiedzę i ludzkie rozumienie chorego, jak leczyć, a zarazem z godnością traktować pacjenta .

Dlatego należy przypominać postać i myśl Kępińskiego. Upominają się to chorzy oraz uczniowie profesora; w imieniu społeczności zabiegają o to dziennikarze. Napisała Ewa Owsiany: I tak powinno być do dziś, bo przecież nie pora umierać pamięci o takich jak on , o człowieku który w istotny sposób ukształtował wrażliwość młodych Polaków lat 70. i 80.
Przypomniała o tym także studentka pielęgniarstwa Mirela Pytel w pracy magisterskiej poświęconej percepcji prac Kępińskiego w środowisku studenckim Krakowa w 25 lat po jego śmierci .